鄱阳县环保局内设5个职能股（室）。

（一）办公室（政策法规股）

   负责文电、会务、机要、档案等机关日常运转工作；承担信息、安全、保密、信访、人员培训、政务公开等工作；负责重大污染事故和跨区域性环境污染纠纷情况通报、联络工作；负责机关、下属单位的人事管理、机构编制工作；拟定环境保护政策；负责涉及环境保护的其它政策的制定工作；拟订地方性法规和规章；负责机关有关规范性文件的合法性审核工作；负责机关行政复议、行政应诉等工作；负责筹划项目做好向上申报中央、省级环境保护专项资金工作，参与对利用环境保护专项资金污染防治项目方案的审查和竣工验收；负责机关、下属单位财务、国有资产管理、内部审计、政府采购等工作；负责局机关后勤、公务接待服务工作。

（二）生态规划股

组织编制生态保护规划；提出新建和申报国家级、省级自然保护区审批建议；监督管理县级自然保护区；组织开展生物多样性保护、生物遗传资源、农村生态环境保护工作；开展全县生态状况评估；指导生态示范创建与生态农业建设。

（三）污染防治股

拟订和组织实施水体、大气、土壤、噪声、光、恶臭、固体废物、化学品、机动车的污染防治法规和规章；组织实施排污申报登记、跨县界河流断面水质考核等环境管理制度；负责组织实施全县城市环境综合整治定量考核制度；组织拟订有关污染防治规划并对实施情况进行监督。

（四）行政服务股（监督管理股、辐射安全管理股）

组织实施规划环境影响评价、政策环境影响评价、项目

环境影响评价工作；监督管理环境影响评价机构资质和相关职业资格；对超过污染物总量控制指标、生态破坏严重或者尚未完成生态恢复任务的地区，实施暂停审批除污染减排和生态恢复项目外所有建设项目的环境影响评价文件的工作；负责核安全、辐射安全及电磁辐射环境的统一监督管理；负责放射性废物处理处置的安全监督；牵头协调核与辐射事故应急响应和调查处理工作；对核设施安全、放射源安全和电磁辐射、核技术应用、伴有放射性矿产资源开发利用中的污染防治实行监督管理。

（五）污染物排放总量控制股

组织实施主要污染物排放总量控制和排污许可证制度；提出实施总量控制计划；考核总量减排情况；承担环境统计和污染源普查工作；承担县污染减排工作领导小组办公室的日常工作；组织实施各项环境监测工作。